染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）被用于檢測細(xì)胞核天然染色質(zhì)結(jié)構(gòu)內(nèi)的蛋白質(zhì)與DNA之間的相互作用。傳統(tǒng)的ChIP實(shí)驗(yàn)首先需要將細(xì)胞固定，這使得蛋白質(zhì)與DNA相互作用交聯(lián)固定到位。然后利用酶或者超聲的方法將染色質(zhì)打斷為片段，使用抗體對感興趣的蛋白質(zhì)以及與其結(jié)合的DNA進(jìn)行免疫沉淀。最后解交聯(lián)，對沉淀DNA進(jìn)行純化。純化的DNA可進(jìn)行進(jìn)一步分析，如標(biāo)準(zhǔn)或定量PCR或測序。實(shí)驗(yàn)對染色質(zhì)的完整性、抗原表位的穩(wěn)定性以及免疫沉淀抗體的特異性較為敏感。這些變量在所研究的蛋白質(zhì)與DNA相互作用具有較低的豐度和穩(wěn)定性時(shí)變得更為關(guān)鍵。

　　ChIP實(shí)驗(yàn)可以主要包括以下幾個(gè)步驟：

　　交聯(lián)固定→染色質(zhì)剪切→免疫沉淀→DNA純化→DNA檢測研究方向：

　　豬脂肪細(xì)胞chip實(shí)驗(yàn)

　　實(shí)驗(yàn)步驟：

　　1．準(zhǔn)備充足的細(xì)胞或組織，一般情況下，細(xì)胞量不少于 10》6，組織樣品量在 20~30 mg。ChIP 富集的 DNA 片段少常由起始樣本量低及后續(xù)反應(yīng)溶液對樣本的過度稀釋所造成。其次，在交聯(lián)反應(yīng)過程中，通常使用 1% 的甲醛固定細(xì)胞 10 分鐘左右（過長的交聯(lián)反應(yīng)時(shí)間會(huì)使細(xì)胞形成大的交聯(lián)聚合物，后續(xù)難以超聲破碎）。

　　2．細(xì)胞用 1% 甲醛固定 10 分鐘， 300 μl 樣品用小美非接觸超聲儀 80% 的功率超聲 20 秒間歇 40 秒，分別超聲 20組、純化后在 1% 的瓊脂糖膠上電泳。ChIP 實(shí)驗(yàn)一般要求染色質(zhì)片段在 200～100 bp 之間（如圖）

　　3.超聲處理優(yōu)化過程

　　非接觸超聲過程中冰浴間歇的步驟很重要。因?yàn)槌暶}沖會(huì)引起微環(huán)境的急劇升溫，進(jìn)而引起蛋白質(zhì)的破壞/降解，影響后續(xù)的免疫沉淀反應(yīng)

　　實(shí)驗(yàn)效果：

使用非接觸聚能超聲打斷儀對脂肪細(xì)胞破碎前后效果圖

　　實(shí)驗(yàn)解決的問題：

　　1、儀器多通道相對于手工單通道超聲工作時(shí)更省力方便，實(shí)驗(yàn)更安全；

　　2、控溫制冷對樣品保護(hù)好，提取出的成分在數(shù)量和質(zhì)量上比手工超聲均質(zhì)效果更好；

　　3、適用非接觸聚能超聲打斷儀不會(huì)出現(xiàn)交叉感染，實(shí)驗(yàn)更省心

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